Perburuan varian COVID: Bagaimana ‘Omicron’ ditemukan dan apa yang kita ketahui sejauh ini


Sejak awal pandemi COVID, Network for Genomics Surveillance di Afrika Selatan telah memantau perubahan pada SARS-CoV-2. Ini adalah alat yang berharga untuk memahami lebih baik bagaimana virus menyebar. Pada akhir 2020, jaringan mendeteksi garis keturunan virus baru, 501Y.V2, yang kemudian dikenal sebagai varian beta. Sekarang varian baru SARS-CoV-2 telah diidentifikasi, yang dikenal sebagai B.1.1.529. Untuk membantu kita lebih memahami, Ozayr Patel dari The Conversation Africa meminta para ilmuwan untuk membagikan apa yang mereka ketahui.

Apa ilmu di balik pencarian?

Berburu varian membutuhkan upaya bersama. Afrika Selatan dan Inggris adalah negara besar pertama yang menerapkan upaya pengawasan genomik nasional untuk SARS-CoV-2 pada awal April 2020.

Perburuan varian, semenyenangkan kedengarannya, dilakukan melalui sekuensing seluruh genom sampel yang telah dites positif terkena virus. Proses ini melibatkan pemeriksaan setiap urutan yang diperoleh untuk perbedaan dibandingkan dengan apa yang kita ketahui beredar di Afrika Selatan dan dunia. Ketika kami melihat banyak perbedaan, ini segera menimbulkan tanda bahaya dan kami menyelidiki lebih lanjut untuk mengonfirmasi apa yang kami perhatikan.

Untungnya Afrika Selatan sudah siap untuk ini. Hal ini berkat gudang pusat hasil laboratorium sektor publik di National Health Laboratory Service, (NGS-SA), hubungan yang baik dengan laboratorium swasta, Pusat Data Kesehatan Provinsi di Provinsi Western Cape, dan teknologi mutakhir. keahlian pemodelan.

Baca juga: WHO Sebut Varian Baru COVID-19 Sebagai ‘Omicron’: ‘Varian Kekhawatiran’ Dorong Larangan Penerbangan Global, Paksa WTO Tunda Pertemuan

Selain itu, Afrika Selatan memiliki beberapa laboratorium yang dapat menumbuhkan dan mempelajari virus yang sebenarnya dan menemukan seberapa jauh antibodi, yang terbentuk sebagai respons terhadap vaksinasi atau infeksi sebelumnya, mampu menetralkan virus baru. Data ini akan memungkinkan kita untuk mengkarakterisasi virus baru.

Varian beta menyebar jauh lebih efisien di antara orang-orang dibandingkan dengan SARS-CoV-2 “tipe liar” atau “leluhur” dan menyebabkan gelombang pandemi kedua di Afrika Selatan. Oleh karena itu diklasifikasikan sebagai varian dari perhatian. Selama tahun 2021, varian kekhawatiran lain yang disebut delta menyebar di sebagian besar dunia, termasuk Afrika Selatan, di mana hal itu menyebabkan gelombang pandemi ketiga.

Baru-baru ini, pengurutan rutin oleh laboratorium anggota Network for Genomics Surveillance mendeteksi garis keturunan virus baru, yang disebut B.1.1.529, di Afrika Selatan. Tujuh puluh tujuh sampel yang dikumpulkan pada pertengahan November 2021 di provinsi Gauteng memiliki virus ini. Itu juga telah dilaporkan dalam jumlah kecil dari negara tetangga Botswana dan Hong Kong. Kasus Hong Kong dilaporkan seorang musafir dari Afrika Selatan.

Apakah B.1.1.529 akan diklasifikasikan sebagai varian minat atau perhatian, seperti beta dan delta, belum diputuskan oleh Organisasi Kesehatan Dunia. Kami berharap itu akan segera diberi nama Yunani.

Mengapa Afrika Selatan menghadirkan varian kekhawatiran?

Kami tidak tahu pasti. Tampaknya ini lebih dari sekadar hasil dari upaya bersama untuk memantau virus yang beredar. Satu teori adalah bahwa orang dengan sistem kekebalan yang sangat lemah, dan yang mengalami infeksi aktif berkepanjangan karena mereka tidak dapat membersihkan virus, mungkin menjadi sumber varian virus baru.

Asumsinya adalah bahwa beberapa tingkat “tekanan kekebalan” (yang berarti respons kekebalan yang tidak cukup kuat untuk menghilangkan virus namun memberikan beberapa tingkat tekanan selektif yang “memaksa” virus untuk berevolusi) menciptakan kondisi untuk munculnya varian baru. .

Meskipun program pengobatan antiretroviral lanjutan untuk orang yang hidup dengan HIV, banyak orang di Afrika Selatan memiliki penyakit HIV lanjut dan tidak menggunakan pengobatan yang efektif. Beberapa kasus klinis telah diselidiki yang mendukung hipotesis ini, tetapi masih banyak yang harus dipelajari.

Mengapa varian ini mengkhawatirkan?

Jawaban singkatnya adalah, kita tidak tahu. Jawaban panjangnya adalah, B.1.1.529 membawa mutasi tertentu yang memprihatinkan. Mereka belum pernah diamati dalam kombinasi ini sebelumnya, dan protein lonjakan saja memiliki lebih dari 30 mutasi. Ini penting karena protein lonjakan adalah yang menyusun sebagian besar vaksin.

Kita juga dapat mengatakan bahwa B.1.1.529 memiliki profil genetik yang sangat berbeda dari varian minat dan perhatian lain yang beredar. Tampaknya bukan “putri delta” atau “cucu beta” tetapi lebih mewakili garis keturunan baru SARS-CoV-2.

Beberapa perubahan genetiknya diketahui dari varian lain dan kami tahu mereka dapat mempengaruhi transmisibilitas atau memungkinkan penghindaran kekebalan, tetapi banyak yang baru dan belum dipelajari. Meskipun kami dapat membuat beberapa prediksi, kami masih mempelajari seberapa jauh mutasi akan mempengaruhi perilakunya.

Kami ingin tahu tentang penularan, keparahan penyakit, dan kemampuan virus untuk “melarikan diri” dari respons imun pada orang yang divaksinasi atau pulih. Kami mempelajari ini dalam dua cara.

Pertama, studi epidemiologi yang cermat berusaha mencari tahu apakah garis keturunan baru menunjukkan perubahan dalam penularan, kemampuan untuk menginfeksi individu yang divaksinasi atau sebelumnya terinfeksi, dan seterusnya.

Pada saat yang sama, penelitian laboratorium memeriksa sifat-sifat virus. Karakteristik pertumbuhan virusnya dibandingkan dengan varian virus lainnya dan ditentukan seberapa baik virus dapat dinetralisir oleh antibodi yang ditemukan dalam darah individu yang divaksinasi atau pulih.

Pada akhirnya, signifikansi penuh dari perubahan genetik yang diamati dalam B.1.1.529 akan menjadi jelas ketika hasil dari semua jenis studi yang berbeda ini dipertimbangkan. Ini adalah usaha yang kompleks, menuntut dan mahal, yang akan berlangsung selama berbulan-bulan, tetapi sangat diperlukan untuk memahami virus lebih baik dan menyusun strategi terbaik untuk memeranginya.

Apakah indikasi awal menunjukkan varian ini menyebabkan gejala yang berbeda atau penyakit yang lebih parah?

Belum ada bukti untuk perbedaan klinis. Diketahui bahwa kasus infeksi B.1.1.529 telah meningkat pesat di Gauteng, di mana gelombang pandemi keempat negara itu tampaknya akan dimulai. Ini menunjukkan penularan yang mudah, meskipun dengan latar belakang banyak intervensi non-farmasi yang santai dan jumlah kasus yang rendah. Jadi kami belum bisa memastikan apakah B.1.1.529 ditransmisikan lebih efisien daripada varian perhatian sebelumnya, delta.

COVID-19 lebih cenderung bermanifestasi sebagai penyakit yang parah, seringkali mengancam jiwa pada orang tua dan individu yang sakit kronis. Tetapi kelompok populasi yang paling sering terpapar virus baru pertama kali adalah orang-orang yang lebih muda, mobile, dan biasanya sehat. Jika B.1.1.529 menyebar lebih jauh, perlu beberapa saat sebelum efeknya, dalam hal tingkat keparahan penyakit, dapat dinilai.

Untungnya, tampaknya semua tes diagnostik yang telah diperiksa sejauh ini dapat mengidentifikasi virus baru.

Lebih baik lagi, tampaknya beberapa uji komersial yang banyak digunakan menunjukkan pola spesifik: dua dari tiga sekuens genom target positif tetapi yang ketiga tidak. Ini seperti varian baru secara konsisten menandai dua dari tiga kotak dalam tes yang ada. Ini dapat menjadi penanda B.1.1.529, artinya kita dapat dengan cepat memperkirakan proporsi kasus positif akibat infeksi B.1.1.529 per hari dan per area. Ini sangat berguna untuk memantau penyebaran virus hampir secara real-time.

Apakah vaksin saat ini cenderung melindungi terhadap varian baru?

Sekali lagi, kita tidak tahu. Kasus yang diketahui termasuk individu yang telah divaksinasi. Namun, kami telah belajar bahwa perlindungan kekebalan yang diberikan oleh vaksinasi berkurang dari waktu ke waktu dan tidak banyak melindungi terhadap infeksi melainkan terhadap penyakit parah dan kematian. Salah satu analisis epidemiologi yang telah dimulai adalah melihat berapa banyak orang yang divaksinasi yang terinfeksi B.1.1.529.

Kemungkinan bahwa B.1.1.529 dapat menghindari respon imun membingungkan. Harapan yang diharapkan adalah bahwa tingkat seroprevalensi yang tinggi, orang yang sudah terinfeksi, ditemukan oleh beberapa penelitian akan memberikan tingkat “kekebalan alami” setidaknya untuk jangka waktu tertentu.

Pada akhirnya, semua yang diketahui tentang B.1.1.529 sejauh ini menyoroti bahwa vaksinasi universal masih merupakan taruhan terbaik kami melawan COVID-19 yang parah dan, bersama dengan intervensi non-farmasi, akan sangat membantu sistem perawatan kesehatan mengatasi gelombang yang akan datang. .Percakapan

Prof. Wolfgang Preiser, Kepala: Divisi Virologi Medis, Universitas Stellenbosch; Cathrine Scheepers, Ilmuwan Medis Senior, Universitas Witwatersrand; Jinal Bhiman, Ilmuwan Medis Utama di Institut Nasional untuk Penyakit Menular (NICD), Institut Nasional untuk Penyakit Menular; Marietjie Venter, Kepala: Zoonosis, Arbo dan Program Virus Pernafasan, Profesor, Departemen Virologi Medis, Universitas Pretoria, dan Tulio de Oliveira, Direktur: KRISP – Platform Sequencing Riset dan Inovasi KwaZulu-Natal, Universitas KwaZulu-Natal

Artikel ini diterbitkan ulang dari The Conversation di bawah lisensi Creative Commons. Baca artikel aslinya.

Baca semua Berita Terbaru, Berita Tren, Berita Kriket, Berita Bollywood, Berita India dan Berita Hiburan di sini. Ikuti kami di Facebook, Indonesia dan Instagram.



Tinggalkan Balasan

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan.